法律分析：清除抵押后，应及时更新不动产权证书。若因未及时更新导致权利益受到损害，侵权方需承担相应责任。
法律依据：
1.《不动产登记暂行条例》第十三条：不动产权利的内容发生变化的，权利人应当及时向登记机构申请变更登记。
2.《民法典》第一千零六十六条：不动产登记机构未按照规定进行登记，致使权利人的权益受到损害的，应当承担相应的民事责任。
3.《物权法》第五十六条：不动产权证书应当载明与该不动产有关的权利、和不动产的基本状况。不动产权证书应当及时更新。
因此，针对不动产权证书上抵押已清除的情况，权利人应及时向登记机构申请变更登记，确保权利益得到保障。若登记机构未及时更新导致权利益受损，登记机构需承担相应的法律责任。
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