知识产权海关保护备案,是指知识产权权利人,按照《知识产权海关保护条例》的规定.将其知识产权的法律状况、有关货物的情况、知识产权合法使用情况和侵权货物进出口情况以书面形式通知海关总署，以便海关在对进出口货物的监管过程中能够主动对有关知识产权实施保护。知识产权海关备案的优势如下：
是海关采取主动保护措施的前提条件。根据《条例》的规定，知识产权权利人如果事先没有将其知识产权向海关备案，海关发现侵权货物即将出境，也没有权利主动中止其进出口，也无权对侵权货物进行调查处理。
有助于海关发现侵权货物。由于知识产权权利人在备案时，需要提供有关知识产权的法律状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权的情况、侵权嫌疑货物情况有关图片和照片等情况，使海关有可能在日常监管过程中发现侵权货物并主动予以扣留。
知识产权权利人的经济负担较轻。根据海关总署有关《知识产权海关保护条例》的实施办法规定，在海关依职权保护模式下，知识产权权利人向海关提供的担保最高不超过人民币10万元。如果知识产权权利人事先未进行知识产权备案，则不能享受上述待遇，必须提供与其要求扣留的货物等值的担保。
可以对侵权人产生震慑的作用。由于海关对进出口侵权货物予以没收并给予进出口企业行政处罚，尽早进行知识产权备案，可以对那些过去毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告的震慑的作用，促使其自觉地尊重有关知识产权。此外，有些并非恶意出口侵权产品的企业也能通过查询备案，了解其承揽加工和出口的货物是否可能构成侵权。
一、加工贸易合同备案
（一）申请备案的条件：
1、加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司；
2、加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；
3、经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；
4、申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准。
（二）申请备案时应提交的文件：
1、商务主管部门签发的有效的《加工贸易业务批准证》（1万美元以下的进口辅料除外）；
2、经营企业自身有加工能力的，应当提交其商务主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
3、经营企业委托加工的，应当提供加工企业所在地县级（含）以上商务主管部门签发给加工企业的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
4、国税部门备案证明（来料加工除外）；
5、经营企业签订的加工贸易合同；
6、经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同；
7、加工贸易进出口商品国家有性规定的，需提供对口主管部门的许可证件；
8、加盖企业印章的空白加工贸易登记手册；
9、《加工合同备案申请表》；
10、《进口料件备案申请表》；
11、《加工出口成品备案表》；
12、《单耗备案申请表》；
13、经预录入的“企业加工合同备案呈报表”；
14、产品生产工艺流程；
15、为确定单耗和损耗率所需的资料；
16、从事异地加工贸易合同备案，还应提供经营企业主管海关签注意见的《中华人民共和国海关异地加工贸易申请表》；
17、海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
（三）备案办理程序：
1、材料受理
申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
2、海关审核
海关根据规定审核企业的加工贸易合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
3、设立台账
经海关审核通过的合同，需到中国银行设立银行保证金台账（AA类企业的所有合同，A、B类企业一万美元以下的合同除外）。
4、核发手册
按规定已设立银行保证金台账或不需设立台账的合同，由主管海关核发加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
（四）办理时限：
自出具《受理通知书》起五个工作日内。
